口袋妖怪红宝石和蓝宝石几乎有不同的名字：靛蓝和深红色，如数据挖掘文件中所见。从基于颜色的名称到宝石名称的转变反映了该系列图形的重大飞跃。这些替代名称是在日本文件中发现的，令粉丝们对游戏的开发产生了诸多猜测。Pokemon Ruby 和 Sapphire数据挖掘似乎显示，这两款游戏最初有不同的名称。目前尚不清楚这些替代名称是否仅供内部使用，或者这两款游戏是否几乎完全以不同的名称发布。然而，Pokemon Ruby 和 Sapphire文件揭示了一些游戏的开发过程，并创造了一个有趣的“假设”场景供思考。
精灵宝可梦红宝石和蓝宝石在图像方面较其核心系列前作有了重大飞跃。该系列之前曾以颜色命名其各个版本，但当该系列从未如此好看时，改用闪闪发光的宝石似乎是合适的。然而，这次数据挖掘似乎表明该系列本可以恢复为简单的颜色名称。
数据挖掘者 KmiE_821 和 Wobbuu 透露，他们正在查看《精灵宝可梦红宝石》和《精灵宝可梦蓝宝石》文件，并发现了两个脚本文件，它们似乎以不同的名称引用了这些游戏。数据似乎表明，这些游戏可能曾被称为《精灵宝可梦靛蓝》和《精灵宝可梦深红》。这两个名字都是日语的，写成“藍バージョン”和“朱バージョン”，即“靛蓝版”和“深红版”。
KmiE_821 指出，“Indigo”和“Crimson”是他们的翻译。不能保证任天堂和 Game Freak 会使用完全相同的英文单词来命名这两款游戏，因为有很多类似的红色可能适合。例如，另一种鲜艳的红色“Vermillion”似乎也很合理。有趣的是，Indigo 和 Vermillion 都与该系列有关，包括 Indigo League 和 Vermillion City。然而，这可能纯属巧合。Pokemon Ruby 和 Sapphire探索的是丰缘地区，而不是 Indigo League 和 Vermillion City 所在的关东地区。
除了文件数据本身之外，人们只能推测这些替代标题的用途。虽然开发人员可能曾经考虑过基于颜色的口袋妖怪游戏名称，但也有可能这些只是占位符标题，从未打算在开发团队之外使用。无论如何，它最终确实坚持使用类似的调色板，分别为红色和蓝色的红宝石和蓝宝石。
虽然数据挖掘和各种泄露可以揭示一些游戏的开发背景，但一些未被发现的秘密可能仍未得到解释。如果没有开发者的确认，粉丝们可能永远不会知道第三代口袋妖怪是否会有完全不同的一对名字，但这是一个值得思考的有趣可能性。